本中心為訂定研究發展方向，設諮詢委員會，置委員九至十五人，除副校長及各相關學院院長為當然委員外，其餘委員由校長就校內外產官學研相關人士之中遴選聘任之。為綜理中心業務，置主任一人，由校長就本校專任教授中選任聘兼之。此外，中心設置資源保育、資源永續利用、社經人文、教育發展、國際合作、資訊服務等六組，組長由中心主任就本校專任助理教授以上教師遴選，經諮詢委員會同意後，報請校長聘兼之。
資源保育組
中心成立後，將積極推動整合各相關學院、系所，如理、農學院就基因、物種、生態系多樣性之調查、評估與長期監測及棲息地恢復及生態系還原等整合性研究。其具體工作項目如下：
1. 生物多樣性調查與編目
生物多樣性調查與編目是生物多樣性最基礎的研究工作，任何國家均應加以重視。因為唯有透過調查與編目，國家方能瞭解其基因、物種和生態系統是如何分布和如何存在的。生物調查與編目能夠提供生物多樣性和生物資源管理所必須的資訊，為地方或區域發展提供可行性建議，並幫助培養管理人才。此外，調查與編目的過程，亦可評量生物多樣性的變化趨勢。為健全調查與編目工作，分類學研究亦需要加以重視，因為它是管理生物多樣性以及發揮其益處的基本工具。沒有完整的分類學研究，即無法擁有一份國家完整的物種清單，這對於生物多樣性研究工作的落實，將有極大影響。
2. 評估規劃保護區系統
評估現有保護區系統，瞭解現有保護區系統不足之處，再據以規劃必要新設之保護區。其中以規劃設立中央生態保護廊道為生物多樣性保育之重點工作。此外，就各保護區評估結果，擬訂生物多樣性保護優先順序，做為日後保護區經營管理之依據。
3. 健全生物資源監測系統，落實保護區經營管理
研究建立健全的生物資源監測系統，透過適當的監測指標，瞭解生態資源變化之情況，做為評估保護區經營管理良窳與否之重要指標。在保護區經營管理方面，應加強研究保護區經營管理的理論架構與實務操作，防止保護對象劣化或消失，並進而加強其復育方法，以落實保護區設置精神。
4. 加強族群及生態系研究
針對物種及生態系多樣性的基礎研究，讓我們對於生物及其所在環境之互動更為瞭解，將有助於對生物多樣性保育工作的落實。
資源永續利用組
1. 生物資源利用開發研究
開發各種生物資源之各種利用可能，不論其為現有利用或潛在可能利用，均應當加以深入研究，以期瞭解各項生物資源，並進而掌握其特性，做為利用上之依據。其中，對於民族生物學之研究、生物技術之發展與傳統資源利用之研究彼此應相輔相成，讓人類能更瞭解生物資源利用知識。
2. 發展永續利用體系
掌握各種生物資源各種利用之關鍵知識後，應進而探究其在永續利用上之可能性，並進而發展其永續利用體系。因為，永續利用方能為人類謀求最大福祉，因此，如何透過健全的永續利用體系，來達成生物資源的永續利用，應是《生物多樣性公約》的主要精神之一，亦是對於人類研究的最大挑戰。
社經人文組
以增進生物資源永續利用及公平分享策略之研究為主要工作要項。主要從政治面、法律面、經濟面、社會面、人文面來探討生物多樣性公約對國家之影響，與生物資源永續利用及公平分享策略之擬定，並積極參與國家生物多樣性保育及利用之研究與決策。其具體工作方向有：
1. 研究生物多樣性及永續發展之稽查制度
從制度面探討如何有效地利用正常的稽查機制，讓國家清楚地掌握生物多樣性及永續發展的現況，以為國家長期生存與發展之重要依據。
2. 生物多樣性相關法令之研究
由於生物多樣性牽涉層面甚廣，從生物資源的管理到智慧財產權均有相當程度的相關，因此如何能讓眾多與生物多樣性相關法規，從制定實施，彼此間不致有相互抵觸的地方，甚而能有相輔相成的功能，則有賴於事前的整體規劃研究，方不致日後相關法令無法落實。
3. 公平分享策略之研究
公平分享之原則是《生物多樣性公約》所再三強調的，但如何能落實公平分享則有賴於制度之建立。因此，如何擬定具體的實施方案，以落實公平分享之原則，而不致招致社會反彈或流於形式，將是極具挑戰的研究課題，值得相關學者深入探討。
4. 人類活動對生物多樣性損失影響之研究
生物多樣性損失的原因在於社會以及生態的相互影響。因而，需要經濟學、社會學、人類學、法律學和政治學去延緩這種損失。另外，生物多樣性研究應重視地方需求、加強社區保育，從多方面瞭解人文因素對生物多樣性之影響，以確保日後能落實生物多樣性工作。
5. 文化、信仰和倫理與生物多樣性相關之研究
文化、信仰和倫理傳統指引人們面對自然界行動，因此，生物多樣性研究應包括那些有關道德規範、文化和宗教是如何影響人類對待自的行為的系統研究。
教育發展組
1. 整合「生物多樣性」相關課程
依垂直與橫向的不同生物多樣性層次，整合校內與「生物多樣性」相關之課程，以有效利用教學資源，發揮最大教學效果。
2. 規劃與執行「生物多樣性」學程
成立學程規劃工作小組，針對「生物多樣性」學程進行規劃。俟規劃完畢並經核定後，負責學程之執行，以期充分發揮生物多樣性學程之特色。
3. 協助培育國內生物多樣性保育與永續利用人才
以「生物多樣性」學程為主，發展系列生物多樣性訓練課程，提供初階的簡介課程至高階的經營課程，成為培育政府或民間團體生物多樣性實務人才的搖籃，以落實國內生物多樣性工作之執行。
4. 協助培育國外生物多樣性保育與永續利用人才
不論是推廣研發成果或或分享工作經驗，均可配合國家政策，加強技術外交，協助友邦國家培訓人才。
國際合作組
1. 協調本校與國內生物多樣性實務單位之合作
調查與分析不同行政業務單位的業務需求，協調與整合本校研究教學單位提供相關服務，以便與實務單位形成緊密的合作關係，不僅能積極協助實務單位落實生物多樣性之執行，亦有助於本中心及本校對外爭取經費。
2. 加強國內外學術合作
協助本校研究單位尋求國內外合作夥伴，積極撮合國內外研究團隊的形成，以提昇本校的研究品質並擴大研究範疇。除此之外，亦將尋覓國內外傑出學者長短期駐校訪問研究以提升校內研究品質，加強對外合作，拓展研究視野。
資訊服務組
1. 資訊交流服務
積極收集國內外生物多樣性相關之重要研究趨勢、成果、專利及其他生物多樣性相關資訊，供國內參考。並將國內資訊提供給國外有需要之單位。
2. 諮詢服務
有系統地將所收集到的各種資訊予以整理，除消極地提供實務單位的諮詢參考外，並積極地將急迫或重大之資訊提供給實務單位，做為擬定政策時之參考。除此之外，亦針對一般民眾提供網上諮詢服，以增進全民對生物多樣性的瞭解。
3. 推動生物多樣性全民教育與廣宣
積極參與社區活動，推動生物多樣性全民教育，透過社會教育與廣宣方法，增加大眾生物多樣性保育共識，以期落實生物多樣性之保育與永續利用。
4. 生物多樣性網站建置與維護
透過網際網站的建置，加速資訊傳遞效率，提供快捷的資訊交流管道。除此之外，配合各種資訊的收集與分析，隨時更新網站内容。